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モジュール化に関しては本当におまけみたいなものなので、任意で結構だと思います。

ただ、然程難しいものでもないですし、PHP化の威力を最大限発揮させる意味でもモジュール化導入をお勧めしたいと思います。
それと、これからの事もありますし…

←画像を見てもらえばわかると思いますが、ここんちの場合、全てにおいてモジュール化されてます。
モジュール化することにより、テンプレートを更新する際の手間軽減や処理をキャンセルすることも出来るので、サーバーへの負荷軽減による再構築(リビルド)の高速化を実現します。

以下、MT3.1x･☆さくらインターネット☆･小枠テンプレートの構成で備忘録。

※作業に入る前に必ずバックアップを取って下さい。

1.部品を抜き出す
まず、モジュール化したい部分をメインページより抜き出します。( ※例は月間アーカイブ )

<div class="sidetitle">
Monthly Archives
</div>

<div class="side">
<MTArchiveList archive_type="Monthly">
<a href="<$MTArchiveLink$>"><$MTArchiveTitle$></a> [<$MTArchiveCount$>]<br />
</MTArchiveList>
</div>

2.テンプレートの作成
1で抜き出したコードを使いテンプレートを作成します。

管理メニュー左の「テンプレート」→「インデックス･テンプレート」の「新しいインデックス･テンプレートを作る」をクリック。
｢テンプレートの編集｣画面に移るので

テンプレートの名前::ゲッカン！あぁーかイブ ← 適当
出力ファイル名::monthlyarchives.php ← インクルード名になるので英語＋拡張子｢.php｣
このテンプレートにリンクするファイル ← 空欄
テンプレートの中身::1で抜き出しコードをペースト
再構築オプション::チェック ← リビルド時に処理させるかどうか

上記の作業が完了したら、保存 → 再構築

3.作成したテンプレートをインクルードする
最後に

<? include("monthlyarchives.php"); ?>

この一行を

　　　　　：
　　　　　：
</li>
<MTSubCatIsLast></ul></MTSubCatIsLast>
</MTSubCategories>
</div>
</div>
サブカテゴリー用 -->

<!-- ゲッカン！あぁーかイブ -->
<? include("monthlyarchives.php"); ?>
<!-- ゲッカン！あぁーかイブ -->

<div class="sidetitle">
Links
</div>
　　　　　：
　　　　　：

表示させたい場所や各アーカイブテンプレートに記入(インクルード)すれば完了です。

後は、この作業をコメント…、トラックバック…、最近の記事…、という具合にサイドバーに表示されてる
コンテンツをひとつひとつモジュール化してあげれば良いだけです。
勿論、BBSやらブログアクセサリーも出来ますし。

PHPの使い方は本当に沢山あると思います。
説明は省きますが、今回自分が書いた記事を簡単に説明すると
MovableTypeをPHP化する(拡張子を｢.html｣から｢.php｣にする)ことで、BBSやアクセスカウンターなど拡張子が｢.php｣で書かれているスクリプトを使用することが可能になります。たとえ拡張子が｢.php｣であっても｢.cgi｣や｢JavaScript｣も使えるわけですし。
こんな感じだと思います。

※小枠テンプレートはサイドバーモジュール化について幾つか既知問題が存在します。
どのコンテンツだかは忘れましたが、必要であれば自分で調べてみて下さい。